巴氏食管最大的危险性就是可能发生食管癌，当然并不是说一定都会发生癌变。巴氏食管发生食管癌的危险性比普通人群高20～40倍，而在食管癌病人中，25％～1OO％均有巴氏食管。贲门癌(在我国多见)的病人26％～73％有巴氏食管。食管癌发病率在美国、英国、瑞士等国近年来直线上升，特别引起人们关注的是，这种直线上升是在巴氏食管发病率直线上升后出现的。我国的食管癌与贲门癌是否也是如此虽然还有待深入研究，但已知胃食管反流在我国正常人群中高达3％～5％，巴氏食管当然应该引起我们高度重视。
由于巴氏食管是一种浅表的改变，钡餐透视不能诊断，确诊的主要手段是胃镜检查并必须配合活检。胃镜下食管黏膜呈均匀粉色，如在此种背景下出现局限性、片状或哑铃状，与贲门相连或不连的淡桔红色改变，则应怀疑巴氏食管。先天性发育异常的多在中段以上．而后天反流引起的，一般多前下段食管，有时还可见到贲门呈开放状态，有反流性食管炎等改变。活检一步最为重要，不但数目要尽量多取一些，部位要选准确，且要分开装瓶送检并作详细记录。前面已经说过，如果确实在食管取到了柱状上皮，且呈现发育不良记录时．发生腺癌的可能性就会大增。现在还有一种新式仪器——流式细胞计，它能快速检验大量细胞核与细胞，测定细胞核中脱氧核糖核酸的含量，通过计算机绘出其分布的组织图，由于发育不良的上皮有较多的脱氧核糖核酸，其组织图与正常上皮不同，对巴氏食管的诊断很有帮助。
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