肝癌的病因迄今尚不清楚，但根据临床和实验研究分析可能与肝硬化、病毒性肝炎等因素有关。
原发性肝癌合并肝硬化比率较高，尤其是结节型肝硬化。通常认为肝硬化和肝癌有先后和因果关系，先有肝硬化后有肝癌。肝硬化导致肝细胞损害越重，增生越明显，癌变的机会就越高。
临床上，肝癌的病人常有急性肝炎、慢性肝炎、肝硬化、肝癌的病史。但是肝炎与肝癌的关系还需要进一步深入研究，同时加强预防肝炎可以降低肝癌的发生率。
另外，人们应当防止与黄曲酶素和其他致癌物质的接触。黄曲酶素多含在被黄曲酶菌感染的食物中，如玉米、花生等，它被吸收入人体后可引起肝细胞变性、坏死继而增生癌变。
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